Thomas Colfer, douze ans, est élève dans un internat irlandais. Durant cette année, il va vivre une véritable aventure humaine et surnaturelle.

Lors d’une soirée, alors que frappe un violent orage, un élève est agressé dans une salle de cours ; plongé dans le coma à la suite de sévères blessures, il est entre la vie et la mort. Le père de Thomas, qui s’est introduit sans permission dans l’établissement ce soir-là, est accusé. Pour innocenter son père, le jeune pensionnaire, aidé de ses meilleurs amis, va devoir percer le mystère de la salle de chimie.

Qui est vraiment le père de Thomas ?

Et pourquoi un de ses camarades a autant de haine envers lui ?